Osudy založení kostela sv. Markéty v Hlučíně jsou spojeny s obcí Dlouhá ves, která se rozprostírala od dnešního Mountfieldu až k restauraci Stará celnice. Když bylo založeno město Hlučín, daroval Přemysl Otakar II. městu polnosti, které patřily k Dlouhé vsi. Tato obec neměla svůj kostel a hřbitov okolo farního kostela sv. Jana Křtitele byl již malý, neboť se tam pohřbívali nebožtíci z Dlouhé vsi, Bobrovníků, Darkoviček i z Vřesiny. Z tohoto důvodu nechal bratr Bernarda ze Zvole Kryštof (olomoucký kanovník) postavit nový kostel sv. Markéty se hřbitovem a špitálem. Z úcty ke své matce a na její památku pojmenoval kostel po ní - Markéta.
První kostel byl dřevěný a stával o něco blíže k městu. Několikrát vyhořel, a to v roce 1645, 1802 a naposledy v 1945, kdy byl zasažen bombou. Základní kámen k dnešnímu zděnému kostelu byl položen 23. 11. 1820. Areál hřbitovního kostela byl uzavřen různorodou ohradní zdí se vstupní bránou z 19. století. Součástí areálu je také márnice - neogotická stavba z režného neomítaného zdiva.
Dlouhá ves (dnes ulice Dlouhoveská) byla s Hlučínem sloučena dne 10. 7. 1911 dekretem císaře Viléma II.
Kostel se stal kulturní památkou dne 3. 5. 1958.